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Authors: Sucheta Ghosh, Pamela Wronski, Jan Koetsenruijter, Wolfgang Mueller, Michel Wensing

Date Published: 27th Sep 2021

Publication Type: Journal

Implementing FAIR data management within the German Network for Bioinformatics Infrastructure (de.NBI) exemplified by selected use cases.

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This article describes some use case studies and self-assessments of FAIR status of de.NBI services to illustrate the challenges and requirements for the definition of the needs of adhering to the FAIR … (findable, accessible, interoperable and reusable) data principles in a large distributed bioinformatics infrastructure. We address the challenge of heterogeneity of wet lab technologies, data, metadata, software, computational workflows and the levels of implementation and monitoring of FAIR principles within the different bioinformatics sub-disciplines joint in de.NBI. On the one hand, this broad service landscape and the excellent network of experts are a strong basis for the development of useful research data management plans. On the other hand, the large number of tools and techniques maintained by distributed teams renders FAIR compliance challenging.

Authors: G. Mayer, W. Muller, K. Schork, J. Uszkoreit, A. Weidemann, U. Wittig, M. Rey, C. Quast, J. Felden, F. O. Glockner, M. Lange, D. Arend, S. Beier, A. Junker, U. Scholz, D. Schuler, H. A. Kestler, D. Wibberg, A. Puhler, S. Twardziok, J. Eils, R. Eils, S. Hoffmann, M. Eisenacher, M. Turewicz

Date Published: 2nd Sep 2021

Publication Type: Journal

NFDI4Health – Nationale Forschungsdateninfrastruktur für personenbezogene Gesundheitsdaten

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Epidemiologische und klinische Studien sind standardisiert und gut dokumentiert, jedoch erfüllen Studienprotokolle, eingesetzte Erhebungsinstrumente und erhobene Daten die Anforderungen der FAIR-Prinzipien … nicht in ausreichendem Maße. NFDI4Health wird daher eine Struktur schaffen, die eine zentrale Suche nach existierenden, dezentral verwalteten Datenkörpern und zugehörigen Dokumenten sowie einen FAIRen Zugang zu diesen erleichtert. Dazu werden die Auffindbarkeit und der Zugang zu strukturierten Gesundheitsdaten aus Registern, administrativen Gesundheitsdatenbanken, klinischen und epidemiologischen sowie Public Health-Studien verbessert und die Qualität und Harmonisierung der zugrundeliegenden Daten optimiert. Eine weitere Herausforderung entsteht durch die Verwendung personenbezogener Gesundheitsdaten. Diese sind hoch sensibel, so dass ihre Nutzung restriktive Datenschutzbestimmungen und informierte Einwilligungserklärungen der Studienteilnehmenden erfordert, was jedoch ihre Wiederverwendbarkeit einschränkt. NFDI4Health zielt daher darauf ab, den Austausch und die Verknüpfung von personenbezogenen Gesundheitsdaten sowie verteilte Datenanalysen unter Einhaltung datenschutzrechtlicher und ethischer Bestimmungen zu erleichtern. Um dies möglichst effizient zu erreichen, wird NFDI4Health die Entwicklung neuer, maschinenprozessierbarer Zustimmungsmöglichkeiten sowie innovativer Datenzugriffsservices auf Grundlage der FAIR-Prinzipien vorantreiben und die Interoperabilität von IT-Lösungen für Metadatenrepositorien stärken. Komplementiert wird dies durch die Entwicklung entsprechender Angebote für Training und Ausbildung, um der Herausforderung der Umsetzung der Lösungen in den Universitäten und Forschungseinrichtungen zu begegnen. Schließlich wird durch die gemeinsame Arbeit in der NFDI4Health die Kooperation zwischen klinischer und epidemiologischer/Public Health-Forschung gestärkt.

Authors: Juliane Fluck, Birte Lindstädt, Wolfgang Ahrens, Oya Beyan, Benedikt Buchner, Johannes Darms, Ralf Depping, Jens Dierkes, Hubertus Neuhausen, Wolfgang Müller, Hajo Zeeb, Martin Golebiewski, Markus Löffler, Matthias Löbe, Frank Meineke, Sebastian Klammt, Holger Fröhlich, Horst Hahn, Matthias Schulze, Tobias Pischon, Ute Nöthlings, Ulrich Sax, Harald Kusch, Linus Grabenhenrich, Carsten Oliver Schmidt, Dagmar Waltemath, Sebastian Semler, Juliane Gehrke, Toralf Kirsten, Fabian Praßer, Sylvia Thun, Lothar Wieler, Iris Pigeot

Date Published: 28th Jul 2021

Publication Type: Misc

PEtab-Interoperable specification of parameter estimation problems in systems biology.

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Reproducibility and reusability of the results of data-based modeling studies are essential. Yet, there has been-so far-no broadly supported format for the specification of parameter estimation problems … in systems biology. Here, we introduce PEtab, a format which facilitates the specification of parameter estimation problems using Systems Biology Markup Language (SBML) models and a set of tab-separated value files describing the observation model and experimental data as well as parameters to be estimated. We already implemented PEtab support into eight well-established model simulation and parameter estimation toolboxes with hundreds of users in total. We provide a Python library for validation and modification of a PEtab problem and currently 20 example parameter estimation problems based on recent studies.

Authors: L. Schmiester, Y. Schalte, F. T. Bergmann, T. Camba, E. Dudkin, J. Egert, F. Frohlich, L. Fuhrmann, A. L. Hauber, S. Kemmer, P. Lakrisenko, C. Loos, S. Merkt, W. Muller, D. Pathirana, E. Raimundez, L. Refisch, M. Rosenblatt, P. L. Stapor, P. Stadter, D. Wang, F. G. Wieland, J. R. Banga, J. Timmer, A. F. Villaverde, S. Sahle, C. Kreutz, J. Hasenauer, D. Weindl

Date Published: 27th Jan 2021

Publication Type: Journal

FAST, ADAPTED, CURATED FAIR DATA FOR COVID-19 RESEARCH

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Research projects such as the international COVID-19 Disease Map initiative and the German COVID-19 study hub of NFDI are supported by de.NBI-SysBio tools and services in organizing and sharing research … data ’FAIRly‘. This is done via the data management platform FAIRDOMHub/SEEK which is quickly adapted to the users' needs. COVID-19 related literature is manually curated and used for basic research about the curation process of SABIO-RK to provide the research community with high quality kinetics data.

Authors: Maja Rey, Andreas Weidemann, Ulrike Wittig, Dorotea Dudas, Sucheta Ghosh, Martin Golebiewski, Xiaoming Hu, Wolfgang Müller

Date Published: 2021

Publication Type: Booklet

Reconstructing Manual Information Extraction with DB-to-Document Backprojection: Experiments in the Life Science Domain

Abstract

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Authors: Mark-Christoph Müller, Sucheta Ghosh, Maja Rey, Ulrike Wittig, Wolfgang Müller, Michael Strube

Date Published: 2020

Publication Type: InProceedings

Accelerating Drug Discovery Efforts for Trypanosomatidic Infections Using an Integrated Transnational Academic Drug Discovery Platform

Abstract

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Authors: Carolina B. Moraes, Gesa Witt, Maria Kuzikov, Bernhard Ellinger, Theodora Calogeropoulou, Kyriakos C. Prousis, Stefano Mangani, Flavio Di Pisa, Giacomo Landi, Lucia Dello Iacono, Cecilia Pozzi, Lucio H. Freitas-Junior, Bruno dos Santos Pascoalino, Claudia P. Bertolacini, Birte Behrens, Oliver Keminer, Jennifer Leu, Markus Wolf, Jeanette Reinshagen, Anabela Cordeiro-da-Silva, Nuno Santarem, Alberto Venturelli, Stephen Wrigley, Deepa Karunakaran, Bethlehem Kebede, Ina Pöhner, Wolfgang Müller, Joanna Panecka-Hofman, Rebecca C. Wade, Martina Fenske, Joachim Clos, José María Alunda, María Jesús Corral, Elisa Uliassi, Maria Laura Bolognesi, Pasquale Linciano, Antonio Quotadamo, Stefania Ferrari, Matteo Santucci, Chiara Borsari, Maria Paola Costi, Sheraz Gul

Date Published: 1st Mar 2019

Publication Type: Journal

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