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Distanzbasierte Inferenz von Genbäumen unter Berücksichtigung ihres Speziesbaumes

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In dieser Arbeit wird Spearfish, eine neue Methode zur distanzbasierten Inferenz von Genbäumen, entwickelt und getestet. Spearfish verwendet die paarweisen Distanzen der Gensequenzen, sowie die Distanzen … der zugehörigen Spezies im Speziesbaum, in einem Clustering-Verfahren, um 10 Genbäume zu rekonstruieren. Der beste wird anschließend mithilfe eines statistischen Evaluierungsverfahrens ausgewählt. Auf allen getesteten simulierten Datensätzen konnte gezeigt werden, dass die von Spearfish inferierten Bäume durchschnittlich eine Distanz von 0,213 zum echten Genbaum besitzen. Damit ist es 2,18-mal genauer als Methoden wie RAxML-NG, welche den Speziesbaum nicht berücksichtigen. Spearfish ist 25,85% ungenauer, aber 49,63% schneller als GeneRax, eine der führenden Methoden, die Genbäume mithilfe ihres Speziesbaumes korrigieren. So kann Spearfish verwendet werden, um Startbäume für GeneRax zu rekonstruieren oder bei goßen Datensätzen sogar zu ersetzen.

Authors: Lukas Knirsch, Benoit Morel, Alexandros Stamatakis

Date Published: 2nd Oct 2025

Publication Type: Bachelor's Thesis

Modeling and predicting spatio-temporal dynamics of PM_2.5 concentrations through time-evolving covariance models

Abstract

Not specified

Authors: Ghulam A. Qadir, Ying Sun

Date Published: 2025

Publication Type: Journal

Efficient large-scale nonstationary spatial covariance function estimation using convolutional neural networks

Abstract

Not specified

Authors: Pratik Nag, Yiping Hong, Sameh Abdulah, Ghulam A. Qadir, Marc G. Genton, Ying Sun

Date Published: 2025

Publication Type: Journal

Enhancing the statistical evaluation of earthquake forecasts—An application to Italy

Abstract

Not specified

Authors: Jonas R. Brehmer, Kristof Kraus, Tilmann Gneiting, Marcus Herrmann, Warner Marzocchi

Date Published: 2025

Publication Type: Journal

Improving model chain approaches for probabilistic solar energy forecasting through post-processing and machine learning

Abstract

Not specified

Authors: Nina Horat, Sina Klerings, Sebastian Lerch

Date Published: 28th Dec 2024

Publication Type: Journal

Structural bioinformatics approach to exploring transient binding pockets in proteins

Abstract

Not specified

Editor:

Date Published: 18th Dec 2024

Publication Type: Bachelor's Thesis

Impact of an irreversible β-galactosylceramidase inhibitor on the lipid profile of zebrafish embryos

Abstract

Not specified

Authors: Jessica Guerra, Mirella Belleri, Giulia Paiardi, Chiara Tobia, Davide Capoferri, Marzia Corli, Elisa Scalvini, Marco Ghirimoldi, Marcello Manfredi, Rebecca C. Wade, Marco Presta, Luca Mignani

Date Published: 1st Dec 2024

Publication Type: Journal

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