NFDI4Health – Nationale Forschungsdateninfrastruktur für personenbezogene Gesundheitsdaten

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Epidemiologische und klinische Studien sind standardisiert und gut dokumentiert, jedoch erfüllen Studienprotokolle, eingesetzte Erhebungsinstrumente und erhobene Daten die Anforderungen der FAIR-Prinzipien … nicht in ausreichendem Maße. NFDI4Health wird daher eine Struktur schaffen, die eine zentrale Suche nach existierenden, dezentral verwalteten Datenkörpern und zugehörigen Dokumenten sowie einen FAIRen Zugang zu diesen erleichtert. Dazu werden die Auffindbarkeit und der Zugang zu strukturierten Gesundheitsdaten aus Registern, administrativen Gesundheitsdatenbanken, klinischen und epidemiologischen sowie Public Health-Studien verbessert und die Qualität und Harmonisierung der zugrundeliegenden Daten optimiert. Eine weitere Herausforderung entsteht durch die Verwendung personenbezogener Gesundheitsdaten. Diese sind hoch sensibel, so dass ihre Nutzung restriktive Datenschutzbestimmungen und informierte Einwilligungserklärungen der Studienteilnehmenden erfordert, was jedoch ihre Wiederverwendbarkeit einschränkt. NFDI4Health zielt daher darauf ab, den Austausch und die Verknüpfung von personenbezogenen Gesundheitsdaten sowie verteilte Datenanalysen unter Einhaltung datenschutzrechtlicher und ethischer Bestimmungen zu erleichtern. Um dies möglichst effizient zu erreichen, wird NFDI4Health die Entwicklung neuer, maschinenprozessierbarer Zustimmungsmöglichkeiten sowie innovativer Datenzugriffsservices auf Grundlage der FAIR-Prinzipien vorantreiben und die Interoperabilität von IT-Lösungen für Metadatenrepositorien stärken. Komplementiert wird dies durch die Entwicklung entsprechender Angebote für Training und Ausbildung, um der Herausforderung der Umsetzung der Lösungen in den Universitäten und Forschungseinrichtungen zu begegnen. Schließlich wird durch die gemeinsame Arbeit in der NFDI4Health die Kooperation zwischen klinischer und epidemiologischer/Public Health-Forschung gestärkt.

Authors: Juliane Fluck, Birte Lindstädt, Wolfgang Ahrens, Oya Beyan, Benedikt Buchner, Johannes Darms, Ralf Depping, Jens Dierkes, Hubertus Neuhausen, Wolfgang Müller, Hajo Zeeb, Martin Golebiewski, Markus Löffler, Matthias Löbe, Frank Meineke, Sebastian Klammt, Holger Fröhlich, Horst Hahn, Matthias Schulze, Tobias Pischon, Ute Nöthlings, Ulrich Sax, Harald Kusch, Linus Grabenhenrich, Carsten Oliver Schmidt, Dagmar Waltemath, Sebastian Semler, Juliane Gehrke, Toralf Kirsten, Fabian Praßer, Sylvia Thun, Lothar Wieler, Iris Pigeot

Date Published: 28th Jul 2021

Publication Type: Misc

Toward a common standard for data and specimen provenance in life sciences

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Open and practical exchange, dissemination, and reuse of specimens and data have become a fundamental requirement for life sciences research. The quality of the data obtained and thus the findings and … knowledge derived is thus significantly influenced by the quality of the samples, the experimental methods, and the data analysis. Therefore, a comprehensive and precise documentation of the pre-analytical conditions, the analytical procedures, and the data processing are essential to be able to assess the validity of the research results. With the increasing importance of the exchange, reuse, and sharing of data and samples, procedures are required that enable cross-organizational documentation, traceability, and non-repudiation. At present, this information on the provenance of samples and data is mostly either sparse, incomplete, or incoherent. Since there is no uniform framework, this information is usually only provided within the organization and not interoperably. At the same time, the collection and sharing of biological and environmental specimens increasingly require definition and documentation of benefit sharing and compliance to regulatory requirements rather than consideration of pure scientific needs. In this publication, we present an ongoing standardization effort to provide trustworthy machine-actionable documentation of the data lineage and specimens. We would like to invite experts from the biotechnology and biomedical fields to further contribute to the standard.

Authors: Rudolf Wittner, Petr Holub, Cecilia Mascia, Francesca Frexia, Heimo Müller, Markus Plass, Clare Allocca, Fay Betsou, Tony Burdett, Ibon Cancio, Adriane Chapman, Martin Chapman, Mélanie Courtot, Vasa Curcin, Johann Eder, Mark Elliot, Katrina Exter, Carole Goble, Martin Golebiewski, Bron Kisler, Andreas Kremer, Simone Leo, Sheng Lin‐Gibson, Anna Marsano, Marco Mattavelli, Josh Moore, Hiroki Nakae, Isabelle Perseil, Ayat Salman, James Sluka, Stian Soiland‐Reyes, Caterina Strambio‐De‐Castillia, Michael Sussman, Jason R. Swedlow, Kurt Zatloukal, Jörg Geiger

Date Published: 18th Apr 2023

Publication Type: Journal

Facilitating Study and Item Level Browsing for Clinical and Epidemiological COVID-19 Studies.

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COVID-19 poses a major challenge to individuals and societies around the world. Yet, it is difficult to obtain a good overview of studies across different medical fields of research such as clinical … trials, epidemiology, and public health. Here, we describe a consensus metadata model to facilitate structured searches of COVID-19 studies and resources along with its implementation in three linked complementary web-based platforms. A relational database serves as central study metadata hub that secures compatibilities with common trials registries (e.g. ICTRP and standards like HL7 FHIR, CDISC ODM, and DataCite). The Central Search Hub was developed as a single-page application, the other two components with additional frontends are based on the SEEK platform and MICA, respectively. These platforms have different features concerning cohort browsing, item browsing, and access to documents and other study resources to meet divergent user needs. By this we want to promote transparent and harmonized COVID-19 research.

Authors: C. O. Schmidt, J. Darms, A. Shutsko, M. Lobe, R. Nagrani, B. Seifert, B. Lindstadt, M. Golebiewski, S. Koleva, T. Bender, C. R. Bauer, U. Sax, X. Hu, M. Lieser, V. Junker, S. Klopfenstein, A. Zeleke, D. Waltemath, I. Pigeot, J. Fluck

Date Published: 27th May 2021

Publication Type: Journal

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