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Implementing FAIR data management within the German Network for Bioinformatics Infrastructure (de.NBI) exemplified by selected use cases.

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This article describes some use case studies and self-assessments of FAIR status of de.NBI services to illustrate the challenges and requirements for the definition of the needs of adhering to the FAIR … (findable, accessible, interoperable and reusable) data principles in a large distributed bioinformatics infrastructure. We address the challenge of heterogeneity of wet lab technologies, data, metadata, software, computational workflows and the levels of implementation and monitoring of FAIR principles within the different bioinformatics sub-disciplines joint in de.NBI. On the one hand, this broad service landscape and the excellent network of experts are a strong basis for the development of useful research data management plans. On the other hand, the large number of tools and techniques maintained by distributed teams renders FAIR compliance challenging.

Authors: G. Mayer, W. Muller, K. Schork, J. Uszkoreit, A. Weidemann, U. Wittig, M. Rey, C. Quast, J. Felden, F. O. Glockner, M. Lange, D. Arend, S. Beier, A. Junker, U. Scholz, D. Schuler, H. A. Kestler, D. Wibberg, A. Puhler, S. Twardziok, J. Eils, R. Eils, S. Hoffmann, M. Eisenacher, M. Turewicz

Date Published: 2nd Sep 2021

Publication Type: Journal

DNA sequence-dependent positioning of the linker histone in a nucleosome: A single-pair FRET study

Abstract

Not specified

Authors: Madhura De, Mehmet Ali Öztürk, Sebastian Isbaner, Katalin Tóth, Rebecca C. Wade

Date Published: 1st Sep 2021

Publication Type: Journal

COVID-19-Forschungsdaten leichter zugänglich machen – Aufbau einer bundesweiten Informationsinfrastruktur

Abstract (Expand)

Public-Health-Forschung, epidemiologische und klinische Studien sind erforderlich, um die COVID-19-Pandemie besser zu verstehen und geeignete Maßnahmen zu ergreifen. Daher wurden auch in Deutschland … zahlreiche Forschungsprojekte initiiert. Zum heutigen Zeitpunkt ist es ob der Fülle an Informationen jedoch kaum noch möglich, einen Überblick über die vielfältigen Forschungsaktivitäten und deren Ergebnisse zu erhalten. Im Rahmen der Initiative „Nationale Forschungsdateninfrastruktur für personenbezogene Gesundheitsdaten“ (NFDI4Health) schafft die „Task Force COVID-19“ einen leichteren Zugang zu SARS-CoV-2- und COVID-19-bezogenen klinischen, epidemiologischen und Public-Health-Forschungsdaten. Dabei werden die sogenannten FAIR-Prinzipien (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) berücksichtigt, die eine schnellere Kommunikation von Ergebnissen befördern sollen. Zu den wesentlichen Arbeitsinhalten der Taskforce gehören die Erstellung eines Studienportals mit Metadaten, Erhebungsinstrumenten, Studiendokumenten, Studienergebnissen und Veröffentlichungen sowie einer Suchmaschine für Preprint-Publikationen. Weitere Inhalte sind ein Konzept zur Verknüpfung von Forschungs- und Routinedaten, Services zum verbesserten Umgang mit Bilddaten und die Anwendung standardisierter Analyseroutinen für harmonisierte Qualitätsbewertungen. Die im Aufbau befindliche Infrastruktur erleichtert die Auffindbarkeit von und den Umgang mit deutscher COVID-19-Forschung. Die im Rahmen der NFDI4Health Task Force COVID-19 begonnenen Entwicklungen sind für weitere Forschungsthemen nachnutzbar, da die adressierten Herausforderungen generisch für die Auffindbarkeit von und den Umgang mit Forschungsdaten sind.

Authors: Carsten Oliver Schmidt, Juliane Fluck, Martin Golebiewski, Linus Grabenhenrich, Horst Hahn, Toralf Kirsten, Sebastian Klammt, Matthias Löbe, Ulrich Sax, Sylvia Thun, Iris Pigeot, Wolfgang Ahrens, Johannes Darms, Jörg Henke, Xiaoming Hu, Sophie Klopfenstein, Lisa Langnickel, Bianca Lassen-Schmidt, Hermann Pohlabeln, Michael Lieser, Anatol-Fiete Näher, Markus Scholz, Carina Vorisek, Dagmar Waltemath, Hannes Wünsche

Date Published: 1st Sep 2021

Publication Type: Journal

A massive binary system with a single magnetic star

Abstract

Not specified

Authors: A. J. Frost, L. Mahy, H. Sana, J. -B. LeBouquin, G. Wade, A. Merand, F. R. N. Schneider, T. Shenar, R. H. Barbá, J. Barron, D. M. Bowman, M. Fabry, A. Farhang, N. I. Morrell, M. Munoz, J. V. Smoker

Date Published: 1st Sep 2021

Publication Type: InProceedings

State-of-the-art evolution models for single, binary and magnetic massive stars

Abstract

Not specified

Author: Fabian Schneider

Date Published: 1st Sep 2021

Publication Type: InProceedings

Multidimensional low-Mach number time-implicit hydrodynamic simulations of convective helium shell burning in a massive star

Abstract

Not specified

Authors: L. Horst, R. Hirschi, P. V. F. Edelmann, R. Andrássy, F. K. Röpke

Date Published: 1st Sep 2021

Publication Type: Journal

Collective velocity broadening from gravity waves as a plausible mechanism for macroturbulence in massive stars

Abstract

Not specified

Authors: D. M. Bowman, S. Burssens, S. Simón-Dı́az, P. V. F. Edelmann, T. M. Rogers, L. Horst, F. K. Röpke, C. Aerts

Date Published: 1st Sep 2021

Publication Type: InProceedings

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