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Generalizing Stretch Lines for Surfaces with Boundary

Abstract

Not specified

Authors: Daniele Alessandrini, Valentina Disarlo

Date Published: 8th Sep 2021

Publication Type: Journal

ColBuilder: A server to build collagen fibril models.

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Type I collagen is the main structural component of many tissues in the human body. It provides excellent mechanical properties to connective tissue and acts as a protein interaction hub. There is thus … a wide interest in understanding the properties and diverse functions of type I collagen at the molecular level. A precondition is an atomistic collagen I structure as it occurs in native tissue. To this end, we built full-atom models of cross-linked collagen fibrils by integrating the low-resolution structure of collagen fibril available from x-ray fiber diffraction with high-resolution structures of short collagen-like peptides from x-ray crystallography and mass spectrometry data. We created a Web resource of collagen models for 20 different species with a large variety of cross-link types and localization within the fibril to facilitate structure-based analyses and simulations of type I collagen in health and disease. To easily enable simulations, we provide parameters of the modeled cross-links for an Amber force field. The repository of collagen models is available at https://colbuilder.h-its.org.

Authors: Agnieszka Obarska-Kosinska, Benedikt Rennekamp, Aysecan Ünal, Frauke Gräter

Date Published: 7th Sep 2021

Publication Type: Journal

Implementing FAIR data management within the German Network for Bioinformatics Infrastructure (de.NBI) exemplified by selected use cases.

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This article describes some use case studies and self-assessments of FAIR status of de.NBI services to illustrate the challenges and requirements for the definition of the needs of adhering to the FAIR … (findable, accessible, interoperable and reusable) data principles in a large distributed bioinformatics infrastructure. We address the challenge of heterogeneity of wet lab technologies, data, metadata, software, computational workflows and the levels of implementation and monitoring of FAIR principles within the different bioinformatics sub-disciplines joint in de.NBI. On the one hand, this broad service landscape and the excellent network of experts are a strong basis for the development of useful research data management plans. On the other hand, the large number of tools and techniques maintained by distributed teams renders FAIR compliance challenging.

Authors: G. Mayer, W. Muller, K. Schork, J. Uszkoreit, A. Weidemann, U. Wittig, M. Rey, C. Quast, J. Felden, F. O. Glockner, M. Lange, D. Arend, S. Beier, A. Junker, U. Scholz, D. Schuler, H. A. Kestler, D. Wibberg, A. Puhler, S. Twardziok, J. Eils, R. Eils, S. Hoffmann, M. Eisenacher, M. Turewicz

Date Published: 2nd Sep 2021

Publication Type: Journal

DNA sequence-dependent positioning of the linker histone in a nucleosome: A single-pair FRET study

Abstract

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Authors: Madhura De, Mehmet Ali Öztürk, Sebastian Isbaner, Katalin Tóth, Rebecca C. Wade

Date Published: 1st Sep 2021

Publication Type: Journal

COVID-19-Forschungsdaten leichter zugänglich machen – Aufbau einer bundesweiten Informationsinfrastruktur

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Public-Health-Forschung, epidemiologische und klinische Studien sind erforderlich, um die COVID-19-Pandemie besser zu verstehen und geeignete Maßnahmen zu ergreifen. Daher wurden auch in Deutschland … zahlreiche Forschungsprojekte initiiert. Zum heutigen Zeitpunkt ist es ob der Fülle an Informationen jedoch kaum noch möglich, einen Überblick über die vielfältigen Forschungsaktivitäten und deren Ergebnisse zu erhalten. Im Rahmen der Initiative „Nationale Forschungsdateninfrastruktur für personenbezogene Gesundheitsdaten“ (NFDI4Health) schafft die „Task Force COVID-19“ einen leichteren Zugang zu SARS-CoV-2- und COVID-19-bezogenen klinischen, epidemiologischen und Public-Health-Forschungsdaten. Dabei werden die sogenannten FAIR-Prinzipien (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) berücksichtigt, die eine schnellere Kommunikation von Ergebnissen befördern sollen. Zu den wesentlichen Arbeitsinhalten der Taskforce gehören die Erstellung eines Studienportals mit Metadaten, Erhebungsinstrumenten, Studiendokumenten, Studienergebnissen und Veröffentlichungen sowie einer Suchmaschine für Preprint-Publikationen. Weitere Inhalte sind ein Konzept zur Verknüpfung von Forschungs- und Routinedaten, Services zum verbesserten Umgang mit Bilddaten und die Anwendung standardisierter Analyseroutinen für harmonisierte Qualitätsbewertungen. Die im Aufbau befindliche Infrastruktur erleichtert die Auffindbarkeit von und den Umgang mit deutscher COVID-19-Forschung. Die im Rahmen der NFDI4Health Task Force COVID-19 begonnenen Entwicklungen sind für weitere Forschungsthemen nachnutzbar, da die adressierten Herausforderungen generisch für die Auffindbarkeit von und den Umgang mit Forschungsdaten sind.

Authors: Carsten Oliver Schmidt, Juliane Fluck, Martin Golebiewski, Linus Grabenhenrich, Horst Hahn, Toralf Kirsten, Sebastian Klammt, Matthias Löbe, Ulrich Sax, Sylvia Thun, Iris Pigeot, Wolfgang Ahrens, Johannes Darms, Jörg Henke, Xiaoming Hu, Sophie Klopfenstein, Lisa Langnickel, Bianca Lassen-Schmidt, Hermann Pohlabeln, Michael Lieser, Anatol-Fiete Näher, Markus Scholz, Carina Vorisek, Dagmar Waltemath, Hannes Wünsche

Date Published: 1st Sep 2021

Publication Type: Journal

A massive binary system with a single magnetic star

Abstract

Not specified

Authors: A. J. Frost, L. Mahy, H. Sana, J. -B. LeBouquin, G. Wade, A. Merand, F. R. N. Schneider, T. Shenar, R. H. Barbá, J. Barron, D. M. Bowman, M. Fabry, A. Farhang, N. I. Morrell, M. Munoz, J. V. Smoker

Date Published: 1st Sep 2021

Publication Type: InProceedings

State-of-the-art evolution models for single, binary and magnetic massive stars

Abstract

Not specified

Author: Fabian Schneider

Date Published: 1st Sep 2021

Publication Type: InProceedings

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